En dalkarl i Dublin

Die Deutsche Adler vakar standigt over mig. Den sitter pa vaggen hos mina grannar, ambassaden. Det vore kanske orattvist att kalla den for ornnastet, men det ar snudd pa. En hederlig bunker bakom lite staket och grejor. Sa har vi det, har pa Irland.

Jag sitter pa jobbet och vantar pa att Johan ska rulla fardigt (kemistslang for att saga att hanses evaporering ska bli klar). Jag sa att jag skulle val kunna blogga tills han ar fardig med det. ”Skriv om trisackariden! Om hur forbannad du ar pa tysken!” skrek han innifran laboratoriet medan jag gick mot datormaskinen.

Sa har ar jag nu. Ze germans och deras handlingar forfoljer mig pa fler hall an via ambassadens sus och dus. Jag har den senaste veckan agnat mig at att knyta ihop min trisackaridsack. Jag fick en disackaridsacceptor av Anja, att glykosylera med min fina egenbyggda donator. Halidass, DMTST och NIS/AgOTf har provats. Till slut fastnade jag for NIS i eter. Men sa enkelt lostes inte historien. Ety forutom acceptorn sa fick jag nagot annat jox ocksa, som tycker om att folja med min produkt vart den gar. Genom alla vandringar pa kolonner och genom reaktioner. Genom helvetets portar och tillbaka igen. jag har kort ett orakneligt antal kolonner, men blir inte av med det.

Bitsk och tvar blir jag. Dessutom fick jag valdigt lite acceptor att leka med. Min sjalvutnamnde mentor foreslog att jag skulle snurra hela rasket under Zemplen-conditions over natt, ifall det var den med bensoat skyddade disackariden som gjorde mitt liv surt. Sa det gor jag nu.

likt den svarta flacken mot skyn har jag tyskarna till grannar och pa tlc-plattan.

Och nu, go’vanner, ska jag som forsta bloggare i valrdshistorien driva med tyskar samtidigt som jag lyssnar pa en tjutande ventilation, kliar mig i huvudet och tanker pa den dar hamburgaren som vi ska unna oss efter hemkomst. Lajdajdajdajdajdajdajdajdajdajda.

Idag har Ester namnsdag. Det far mig att fundera. Lite pa nar professor Konradsson ville hjalpa mig fram till ratt svar och forsokte utesluta andra kvinnonamn. Skyddsgruppen Anna? Doris? Nej.

Lite tanker jag pa vad man annars kan heta. Jag hoppas att vi snart far fira Anhydrids namnsdag, liksom Sulfonats. Det vore val fint? Det finns manga sakallade proggungar med kryddnamn ute i varlden. Ar det inte dags for keminamnen snart? P-eter finns ju redan. Vad kommer harnast? Paratosa? Hydrida?

Later inte det alldeles ypperligt?

Overdrifter  far saklart undvikas. For vem fan vill ga runt och heta Natriumvatekarbonat eller Dibutiltennoxid. Men for att fortsatta med kryddliknelsen sa ar det inte sa vanligt med ungar som heter vare sig Aromat eller Pizzakrydda.

Det uppdateras mer sallan har. Det beror pa att jag har ett hem rikt pa heltackningsmattor, men fattigt vad det galler internetanslutningar. Nagon fortappad sjal ar kanske nyfiken pa vad som hander pa labbet. Sahar ar det:

Jag gjorde fardigt en donor at Anja. Bensylerad mannos med en benzoat i trean och en thioethyl i ettan. Sen har jag gjort en fullbensylerad glukosdonor.

Efter det hade jag trott att jag skulle ge mig i kast med ett eget storre projekt, men sa blev det inte.  Istallet har jag fatt ta ett steg till in i det har. Nu har jag arbetat med  galactos och ska gora deoxygenering av fyran, med hjalp av thiodiimidazol. Jag hittade en 4,6-dibensylidenerad variant i ett skap har och har sen bensylerat de fria positionerna och oppnat acetalen med hjalp av trietylsilan och TFA. Nasta steg blir som sagt deoxygeneringen, men kemikalierna finns inte att tillga riktigt an. Sa det blir till att bida tiden och gora nagot annat under densamma.

Och sa var det med det.

Fiskpump ar ett ord som vi vetenskapsutovare ofta har nytta av.

Jag gör ett försiktigt litet försök med kemipoesi då. Dikten saknar melodi. Skriv gärna en egen.

I en dragskåpslampas sällsamma sken
jag står och häller upp mer toluen
alltmedan det ko-evaporerar
jag kliar mitt huvud och funderar
på vilka frukter mitt arbete bär
på avståndet till den jag har kär
Runt det snurrar, varv på varv
båd’ i tanke och lösningsmedelssvarv
Tills molekylerna blir yra
-dunsta jävla ättiksyra
Allt jag önskar är en produkt
som till sist är skild från fukt
och ännu mer ändå
en puss från den skönaste med ögon blå

Det har varit tunnsått om texter rörande kemin på sistone. Till viss del beror det på att inte särskilt mycket intressant har hänt.

Jag har fortsatt med mannosdonorn sen senast. Inom kort ska jag vara färdig med det blocket. Efter det väntar syntes av en tetrabensylerad glukosdonor. Inte heller särskilt spännande.

Lite mer spännande är att Anja har pusslat ihop den första av de trisackarider vi ska göra. Den är avskyddad och klar. Det återstår bara en kolonn och lite karaktärisering av den, innan den kan skickas iväg till indiska biokemister.

Den 2,4,6-bensylerade mannosen benzoylerades i position 3. Därmed färdigställdes en donor som Anja kunde börja koppla med. Men tyvärr var de små smulorna i Emilianos gamla burkar för lite för att tillfredsställa våra framtida mannosbehov. Så jag fick börja från scratch igår.

En härlig gammal reaktion som jag snart kan göra i sömnen. Acetylering av mannos. Följt av införande av den anomera S-etylen. Det står och kristar i frysen as I write. På måndag väntar meckande med isoproppar och annat skoj.

Men visst, det är tråkigt att göra startmaterial och sen lämna det ifrån sig till de spännande reaktionerna. Men sådan är tingens ordning och så småningom blir det mer spännande även för mig. När det här blocket är färdigsyntat är det dags att ge sig på deoxysockren. Då jävlar.

Följande kan kanske ses som tråkigt i ickekemisters ögon. Eller inte, vi får väl se.

Min första syssla på labbet kommer att bestå i lite hjälp på traven med ett pågående projekt, till den tyska Anja. Trisackarider, bestående av två mannos- och ett glukosblock, med deoxyfunktioner i olika positioner skall syntetiseras. För att få projektet färdigt och samtidigt få mig inskolad i labbet ska jag ägna mig åt detta i ett par månader.

Jag skulle ljuga om jag påstod att jag var helt säker på den biologiska bakgrunden, och det bakomliggande intresset för molekylerna, så det gör jag inte. Så istället säger jag ingenting om det, för att undvika fel.  Syftet med deoxyfunktionerna är, så mycket vet jag, att undersöka vilka hydroxylgrupper som främst bidrar vid inbindandet till något protein.

Under den första veckan har jag ägnat mig åt ett av mannosblocken. En 4,6-benzylerad molekyl, med en thioetyl vid anomera centret, utsattes för en phase transfer-reaktion och ytterliggare en bensyleter ska ha förts in i position 2, på sockret. Allt i enlighet med the big boss första pek, faktiskt. NMR:n ser bra ut, men är inte tillräckligt noga granskade för att ropa hej riktigt än.

Har reaktionen gått bra kommer nästa veckas arbete till viss del upptas av återupprepande av reaktionen.